금융결제원은 전자금융서비스의 핵심 인프라인 금융공동망의 구축·운영을 위하여 당시 어음교환과 지로업무를 각각 전담하여 수행하여 온 전국어음교환관리소와 은행지로관리소를 통합하여 1986년 6월에 설립되었습니다.
설립 이후 금융결제원은 어음교환과 지로업무외에 1988년 CD(현금자동인출기)공동망, 타행환공동망, 전자금융공동망, CMS(자금관리서비스)공동망, 신용 및 직불카드공동망, 지방은행공동정보망, 주택청약공동망, 전자화폐(K-CASH)공동망, 외환동시결제(CLS)공동망 등 다양한 지급결제시스템을 구축 운영함은 물론 인터넷지로, 전자상거래 지급결제(BANKPAY PG), 모바일 지급결제(Ubi), 전자어음 등의 전자결제서비스를 제공하였습니다.

뿐만 아니라 인터넷 환경에서 지급결제가 안전하게 이뤄질 수 있도록 지원하기 위해 공인인증(yessign)시스템을 구축·운영하고 있으며, 금융정보 공유분석센터(금융ISAC) 및 금융공동망 백업시스템 구축 등을 통해 지급결제 서비스에 대한 정보보호 및 안전대책에도 만전을 기하고 있습니다.

1986년 설립 당시 연간 3억 7,200만건, 1,088조원(일평균 126만건, 4조원)에 불과했던 지급결제 처리규모가 2008년에는 47억 2천만건에 13,677조원 (일평균 1,650만건, 45조원)에 달하고 있습니다. 금융결제원은 이와 같이 방대한 규모의 지급결제 서비스를 안정적으로 처리함으로써 국내 금융 산업의 대외 경쟁력 강화와 이용고객의 편의 제고에 이바지하고 있습니다.

정보통신기술 및 금융기법 등이 더욱 고도화됨에 따라 다양한 전자금융 서비스 및 새로운 서비스에 대한 요구가 날로 증대되고 있습니다. 금융결제원은 2009년에도 이러한 환경변화에 적극 대처하기 위하여 어음·수표의 이미지 정보교환 추진을 비롯하여 어음 발행 정보 등록 및 조회 시스템 구축, 인터넷 지로 365일 납부실시, 국가간 CD/ATM 공동이용 서비스 등 다양한 사업을 추진할 예정이며, IT BCP 외부인증(BS25999) 획등 추진 및 DoS공격 공동 대응 시스템 구축등을 통하여 전산 시스템의 안정성 및 효율성 향상을 위해 전력을 다할 계획입니다.